DNA 配列のアセンブリ『CodonCode Aligner』ヒューリンクス

DNA 配列のアセンブリとアラインメント

CodonCode Aligner は、DNA バーコーディング、シーケンスのアセンブリやコンティグの編集、突然変異の検出に役立つプログラムです。Aligner は、親しみやすく、分かり易いユーザーインターフェースを備えていながら、Phred-Phrap と互換性のあるシーケンスのクオリティスコアをフルサポートする能力を備えています。

基本情報DNA 配列のアセンブリ『CodonCode Aligner』

・テキストファイルからのシーケンスの読み込み
・End Clip 機能 (低品質のシーケンス末端を切り取る機能)
・コンティグのアセンブル
・ヘテロ接合型突然変異の検索
・Phrap で作成されたアセンブリの読み込みと編集
・サンプル名に基づくグループ単位のアセンブルや整列
・ヘテロ接合性の挿入と欠失の分析
・プロジェクトから直接 Phred および Phrap を実行可能　等

価格帯	10万円 ~ 50万円
納期	~ 1週間
用途／実績例	【パキスタンで昆虫種をバーコード化】パキスタンの国立バイオテクノロジー遺伝子工学研究所と、カナダ・オンタリオ州生物多様性研究所の共同プロジェクトである、パキスタンの経済的に重要な昆虫種のバーコードシーケンス・データの分析において使用されました。【オオミチバシリの保全遺伝学研究】このユーザー事例では、オオミチバシリ（学名 Geococcyx californianus）の個体数と保全遺伝学に関して、オオミチバシリの遺伝的変異と遺伝子流動の評価に、ミトコンドリアと核マーカーを使用しました。【アルダブラ環礁の landbirds の分類と保護】ユネスコ世界遺産であるアルダブラ環礁では、固有の landbird 2種（アルダブラベニノジコとアルダブラクイナ）の分類学的地位と、外来種のベニノジコと固有種のアルダブラベニノジコの交配による影響を研究するために使用されました。