株式会社モルシス
最終更新日：2018-06-21 15:05:49.0
Partek社製NGSデータ解析ソフトウェアPartek FlowによるRNA-seqデータ解析 ユーイング肉腫の解析事例
基本情報Partek社製NGSデータ解析ソフトウェアPartek FlowによるRNA-seqデータ解析 ユーイング肉腫の解析事例
Partek社製ソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアライメントからパスウェイを使った生物学的解釈まで実行
RNA シークエンス（RNA-seq）は数多くの新しい発見をもたらしています。RNA-seq を使うことで、次のような解析が可能になります。
1. 遺伝子発現解析
2. 転写産物発現解析
3. 選択的スプライシング解析
4. 新規エクソンや新規転写産物の発見
5. アリル特異的発現解析
6. コーディング領域のSNV 解析
7. パスウェイ解析や生物学的解釈
Partek Flowを使って1～4、Partek Genomics Suiteを使って5～6、Partek Pathwayを使って7のデータ解析を行います。
この実験ではユーイング肉腫から得られた2 つのがん細胞株を比較します。原発性細胞株と転移性細胞株です。同じ患者から得られたがんではない線維芽細胞を “正常”として対照群にします。正常組織とがん組織の間のゲノムの変化に加えて、原発性のがんが転移性のがんになり他の組織へ広がっていくメカニズムについても解析します。
RNA-seqデータ解析 ユーイング肉腫の解析事例
Partek社はNGSデータ解析ソフトウェアPartek Flow、NGS／マイクロアレイデータ解析ソフトウェアPartek Genomics Suite、パスウェイ解析ソフトウェアPartek Pathwayをリリースしています。これらのソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアラインメントからパスウェイを使った生物学的解釈まですべてサポートします。
Partek FlowはFASTQファイルを読み込んで、アラインメント前後のQA/QC、参照ゲノム配列へのアラインメント、発現量の定量および正規化、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析、主成分分析や階層型クラスタリング、GOやパスウェイを使った生物学的解釈、ゲノムビューアーによる可視化などRNA-seqのデータ解析全般をサポートします。
Partek Genomics SuiteはBAMファイルを読み込んで、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析に加えてアリル特異的発現解析、コーディング領域のSNV解析をサポートします。
Partek PathwayはKEGGパスウェイ情報を使ったパスウェイ解析をサポートします。 （詳細を見る）
取扱会社 Partek社製NGSデータ解析ソフトウェアPartek FlowによるRNA-seqデータ解析 ユーイング肉腫の解析事例
計算化学、情報科学に基づくパッケージソフトウェア及び研究データ管理システムの販売、導入支援、技術サポート ■ライフサイエンス 統合計算化学システム MOE タンパク質立体構造情報データベースシステム PSILO トランスレーショナル・セーフティ・プラットフォーム ClaritySuite 安全性評価とリスク評価のための統合プラットフォーム ChemTunes・ToxGPS NGSデータ解析ソフトウェア Partek Flow 遺伝子発現データベース GENEVESTIGATOR 疾患関連遺伝子＆変異データベース DISGENET plus ■マテリアルサイエンス 材料設計支援統合システム MedeA 量子化学計算ソフトウェア AMS/ADF 熱力学物性推算ソフトウェア BIOVIA COSMOtherm 材料設計支援プラットフォーム SciMAPS ■研究データ管理、電子実験ノートブック 研究情報共有システム CBIS 創薬研究情報共有クラウドシステム CDD Vault クラウド型電子実験ノート Scilligence ELN 他
Partek社製NGSデータ解析ソフトウェアPartek FlowによるRNA-seqデータ解析 ユーイング肉腫の解析事例へのお問い合わせ
お問い合わせ内容をご記入ください。
