物性予測ソフト『Calculator Plugins』

『Calculator Plugins』は、高いパフォーマンスと多様な活用法を実現する、統合テクノロジーをベースにしたケムインフォマティクスツールキットです。

実装することで可能となる計算や特性予測は、数十万の化合物であっても薬学的に関連する物理化学的特性と分子記述子を効率的に評価し、強力なリード生成・リード最適化ツールとなるでしょう。

当製品群は、“バンドル”と呼ばれる6つのグループに分かれており、計算したい項目に応じて必要なバンドルを選んでご契約いただけます。

【特長】
■高いパフォーマンスと多様な活用法を実現
■薬学的に関連する物理化学的特性と分子記述子を効率的に評価
■強力なリード生成・リード最適化ツール
■“バンドル”と呼ばれる6つのグループに分かれている
■計算したい項目に応じて必要なバンドルを選んでできる

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創薬プロジェクト全般にわたって、薬物動態と毒性パラメータの最適化は
重要な目標となります。

『ADMETグループ』は、機械学習の手法をキュレーションされた
データセットに適用し、信頼性の高い予測モデルを作成。

トレーニング済みモデルを用いてhERG阻害を予測することにより、
候補化合物に対する心毒性リスクを評価できます。

【特長】
■機械学習の手法をキュレーションされたデータセットに適用
■信頼性の高い予測モデルを作成
■トレーニング済みモデルを用いてhERG阻害を予測
■候補化合物に対する心毒性リスクを評価できる

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当社は、pKa（酸塩基解離定数）等の予測に適した『Protonationグループ』を取り扱っています。

高精度のpKa計算プログラム「pKa」をはじめ、特定のpHにおける主要構造を予測する「Microspecies」や、等電点の計算が可能な「Isoelectric point」をラインアップしています。

【ラインアップ】
■pKa：高精度のpKa計算プログラム
■Microspecies：特定のpHにおける主要構造を予測
■Isoelectric point：等電点の計算

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『Partitioningグループ』は、水/オクタノール分配係数に加え、pHに依存するlogD値を予測することができます。

logP、logDともに改良されたViswanadhanらの方法に基づき予測を行います。

適用された改変には、電子非局在化を調整する為に選択された原子タイプの再定義(特に硫黄、炭素、窒素および金属原子)やイオン化フォームの考慮等が含まれます。

【特長】
■水/オクタノール分配係数に加え、pHに依存するlogD値を予測
■logP、logDともに改良されたViswanadhanらの方法に基づき予測
■両性イオンのlogP値は等電点でlogDから計算
■logD値がpH依存のように、logD計算はpKa予測の方法に依存

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パトコアは、互変異性体、立体異性体、共鳴構造の生成に適した
『Isomersグループ』を取り扱っています。

多くの化合物データベースは、立体化学や互変異性体の情報が不完全な
2D構造により構成されていますが、この為これらの化合物を3次元化する際、
いや応なく立体化学や互変異性の曖昧さを招きます。

互変異性体や立体異性体のエニュメレーションはドッキングや3Dサーチ、
3D-QSARなどのヴァーチャルスクリーニングへの適用に必須となります。

【ラインアップ】
■Stereoisomer Plugin：立体異性体を生成
■Tautomer Plugin：互変異性体の計算
■Resonance：共鳴構造の生成

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溶解性は、創薬において分子の吸収と分布のカギとなる重要なファクターのひとつであることから、常に最適化の対象となります。
そのため高精度の溶解度予測ツールは、開発の初期段階においてきわめて重要です。

【特長】
■入力した分子のトポロジーに基づいて溶解度を予測
■各pHレベルにおける溶解性を計算
■大まかな予測のみが知りたい場合などに便利
■非常に高精度な予測結果を示した

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NMRスペクトルの予測は、構造のバリデーションや分子の説明に重要な役割を果たしています。
『NMRグループ』は、有機化合物における1Hおよび13C NMRスペクトルを予測します。

【特長】
■NMRスペクトルの予測は、構造のバリデーションや分子の説明に
　重要な役割を果たしている
■有機化合物における1Hおよび13C NMRスペクトルを予測

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パトコアは、チャージ、コンフォーマーの発生、局在エネルギー等の計算に適した『Structural Calculationsグループ』を取り扱っています。

パーシャルチャージ、分極率、電気陰性度の計算が可能な「Charge Plugin」をはじめ、「Conformation Plugin」や「Geometry Plugin」をラインアップしています。

【特長】
■Charge Plugin：パーシャルチャージ、分極率、電気陰性度の計算
■Conformation Plugin：コンフォマーの発生、重ね合わせ、MD計算
■Geometry Plugin：分子の様々な幾何学的パラメータを計算

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パトコアは、分子量、化学式等の基礎項目に適した
『Elemental Analysisグループ』を取り扱っています。

分子の元素構成に関する値を計算・表示。
Marvinライセンスでご利用頂けます。

【計算・表示する値(抜粋)】
■Mass：molecular mass
■Exact mass：molecular mass calculated from the most frequent
　natural isotopes of the elements
■Formula：chemical formula of the molecule

【ご利用形態】
■Marvin Sketchのプラグインとして
■cxcalcコマンドラインツールとして
■Chemical Termsの機能として
■Java・.NET、Microserviceなど各種APIを利用して、独自アプリケーションで利用

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