MOE に搭載されているSolvent Analysis は、3D-RISM 法に基づいて、
分子周辺の水分子の役割を高速かつ高精度に解析することができます。
分子系における水分子の確率密度分布を計算し、さらに結合自由エネルギーにおける水分子の寄与を計算します。
Solvent Analysis は溶媒効果を可視化することで、タンパク質－リガンド間の相互作用の理解と新規リガンド設計を支援します。
【Solvent Analysis の特長】
■3D-RISM 法に基づいて1 分子系あたり数分で計算
■複合体、リガンド、受容体の各分子系を同時に処理
■計算には水分子の相関を考慮
■水分子だけでなく、イオンや疎水性原子の存在確率も可視化
■長時間のシミュレーションが不要
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基本情報『MOE』結合部位における溶媒解析
【Solvent Analysis による解析】
■結合部位内の水分子、Na+、Cl-、疎水性原子の存在確率の高い領域を可視化
■酸素原子、水素原子を独立して評価することで水分子の配向を予測
■分子系に接している水分子の隣の水分子についても可視化
■脱水和エネルギーマップによる、水素結合や疎水性相互作用、水分子を
介した水素結合ブリッジの理解を支援
■複合体、リガンド、受容体の各エネルギーマップの比較による
リガンドの修正もしくは保存すべき原子団の判別
■Water Siteの予測と水分子の配置
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取扱企業『MOE』結合部位における溶媒解析
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