パトコア株式会社構造アイディア提示システム『Transformer』最適化を加速

最終更新日：2022-08-31 17:31:45.0
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MMP解析などによって得られた置換ナレッジに基づき、構造改変アイディアを提示！

『Transformer』は、入力した構造をルールに基づき変換し、今まで思い付かなかった構造を自動生成する
アイディア提示システムです。

“リード化合物のSolubilityなどの物性値を改良したい”、“ターゲットに対する生化学的特性を変化させたい”といった構造好適化段階の化合物設計において威力を発揮。

構造変換ルールベースとしてEMILを標準実装しているほか、ChEMBLデータベースやお客様が自社内で蓄積している
化合物ライブラリーのデータもインポートして活用することができます。

【特長】
■入力した構造をルールに基づき変換
■構造好適化段階の化合物設計において威力を発揮
■構造変換ルールベースとしてEMILを標準実装
■ChEMBLデータベースやお客様が自社内で蓄積している化合物ライブラリーのデータもインポートして活用可能

※詳しくは関連リンクをご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

基本情報構造アイディア提示システム『Transformer』最適化を加速

【機能】
■ルールベースを用いて入力構造を変換した構造を提示
■部分構造を指定して変換構造群を提示
■メドケム向けのシンプルで使いやすいユーザーインターフェース（UI）
■条件を指定して結果に重み付け
・物性値
・入力構造と出力構造との構造類似度
・骨格（Structure Framework）の指定による構造変換の制御
・考慮済の変換構造（自社DBに登録済みの構造）を排除
■構造変換ルールの作成に用いたオリジナルデータをシームレスに参照可能
■構造エディタはMarvinとChemDrawが利用可能

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型番・ブランド名	Transformer：トランスフォーマー
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詳細情報構造アイディア提示システム『Transformer』最適化を加速

: ■Matched Molecular Serise (MMS) 解析機能

”もっと傾向を知りたい”
生理活性値は僅かな官能基の変化が著しい影響を及ぼすため、従来のMMP解析の手法では予測が困難とされてきました。この様な対象についても合理的に構造活性相関を把握するため、同じ骨格で複数の官能基を変化させた際の挙動を解析するMMS解析の手法が注目を集めています。

Transformerでは研究者の高度な要求に答えるため、MMS解析機能を新たに実装しました。ソート・フィルター機能によりテーブルを自在にカスタマイズできるため、普段ベンチワークを主に行う研究者でも直感的に知見を得ることができます。

: 【主な機能】
TransformerはMatched Molecular Pair (MMP) 解析の方法論に基づいて抽出した、構造変換データと関連実験値の変化データの情報に基づき、任意の構造に関し、意図した特性を有する可能性が高いアイディア構造を自動生成します。

これまでに報告された化合物の活性値など、過去の知見を解析し、構造活性相関として評価することができます。

・ルールベースを用いて入力構造を変換した構造を提示
・部分構造を指定して変換構造群を提示
・メドケム向けの直観的なユーザーインターフェース
・条件を指定して結果に重み付け（物性値、構造類似度、骨格の指定）
・構造変換に供されたナレッジのオリジナルデータを参照可能
・構造エディタはMarvinとChemDrawが利用可能

: 【構造変換ルールベース】
●EMIL
監修：藤田稔夫京都大学名誉教授
Bioisostericな約6,700件の変換例を収録
＜参考文献＞
Background and features of emil, a system for database-aided bioanalogous structural transformation of bioactive compounds, T. Fujita et.al.
EMIL, a System for Computer-Aided Structure Transformation of Bioactive Compounds: Application to Synthetic Pyrethroid Series, T. Fujita et.al.

●お客様自身で生成する構造変換ルール
・自社で確立したMMPなどのルールを追加可能
・化合物ペアの構造の差から変換部分を抽出することで、ルールを自動で生成
・ChEMBL等の公的データベースを定期巡回し、ルールを自動で自動することも可能