【研究開発用PC構成事例】タンパク質のドメイン検索用マシンテガラ

BLASTによるDNA塩基配列の検索、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を目的とした構成例です

植物の育種研究に携わるお客様より、BLASTによるDNA塩基配列の検索や、HMMERによるタンパク質のドメイン検索を行うためのマシン構成です。
複数のユーザーが有線LAN経由でマシンにアクセスする使い方を想定しています。
また、BLASTでのクエリ配列は数百から数千程度で、データベース配列は10万程度。HMMERによるドメイン検索は、10万程度のクエリ配列を想定しています。

de novo解析の実行も可能な構成ですが、優先度の高い要件として考慮する場合には、仕様上の最大メモリ容量となる128GBを搭載するのが良いと思われます。

また、ネットワークアクセスで利用し、研究室内で小規模な簡易サーバーとして利用するのみでしたら、本事例の構成でもコスト重視の選択として成立します。ただし、多くの人数で利用する想定の場合は、明らかにスペックが不足します。重要度・運用方法によっては、本格的なサーバー構成をおすすめします。

本事例の構成は、お客様から頂戴した条件を元に検討した内容です。
掲載内容とは異なる条件でご検討の場合でも、お気軽にご相談ください。

関連リンク - https://www.tegsys.net/case/example/15338/

基本情報【研究開発用PC構成事例】タンパク質のドメイン検索用マシン

CPU：AMD Ryzen9 7950X (4.50Hz 16コア)
メモリ：64GB
ストレージ1：1TB SSD S-ATA
ストレージ2：8TB HDD S-ATA
ビデオ：NVIDIA Geforce GT1030
ネットワーク：on board (2.5G x1 10/100/1000Base-T x1) Wi-Fi x1
筐体+電源：ミドルタワー筐体 + 850W
OS：Rocky Linux 8

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型番・ブランド名	事例No.PC-10483
用途／実績例	バイオインフォマティクス BLASTによるDNA塩基配列の検索、HMMERによるタンパク質のドメイン検索