テクつぶ資料_近傍遺伝子とUCSC視覚化

RNAの発現解析法「CAGE-seq」のユニークな特徴のひとつが「転写開始点（TSS）の検出」。TSSが複数見つかるときや、データベース登録の無い新規のTSSが見つかることも。そんな事例を読み物としてご紹介。 （詳細を見る）

解析を外注する際に、サンプル数やN数に関する悩みはつきものです。そんなときのヒントとして、ご一読ください。 （詳細を見る）

『RNA-seq』は、次世代シークエンシング解析の一つで、
トランスクリプトームと呼ばれる遺伝子発現を網羅的に検出する手法です。

様々な生物種に対応し、遺伝子および転写産物の発現レベルと
スプライシングパターンの解析を行うことができます。

モデル生物であれば最短3～4週間の短納期で結果の納品が可能。
納品時にはデータ確認ガイド（手引き冊子）が付属するため、初心者でも安心です。

【特長】
■価格を抑えたプランや、DNBseqシーケンス受託サービスもご用意
■新規転写産物の同定
■Total RNA 1μgまたは10ngスタートが可能
■モデル生物を始めとした様々な生物種で実績あり
　（ヒト、マウス、植物、魚、カエル、酵母、バクテリアなど）

※原理やメリットをわかりやすく紹介した小冊子を進呈中。
　「PDFダウンロード」よりスグにご覧いただけます。 （詳細を見る）

当社では、mRNAやncRNAなどの発現を転写開始点ごとに
定量解析する技術『CAGE』による受託解析サービスを提供しています。

RNA-seq解析に比べ約7倍の検出感度を有し、
PCRフリーのため定量性に優れ、網羅的な発現量データが得られます。

解析もしっかりフォロー。
納品データは、発現量や発現比較、クラスタリングなどを標準セットにしています。

サンプルRNAの品質確認やデータ解析は、基本サービスとなり、追加費用はありません。

初めての方や、データ解析が心配な方にもお勧めです。

【特長】
■理化学研究所と当社の共同開発技術
■転写開始点をゲノムワイドに定量解析
■遺伝子だけでなく、プロモーターの網羅的な発現解析も実現
■プロモーター単位での遺伝子発現ネットワーク探索も可能に
■転写因子結合モチーフ探索を標準で実施
■価格は1サンプルあたり、解析込みで約10万円

※製品の詳細は、下記よりPDF資料をご覧ください。
※小冊子『FAQでみる遺伝子発現解析方法の違い』も
　　下記より無料でダウンロードして頂けます。 （詳細を見る）

従来の「CAGE」解析では、total RNAをインプットし、以下が可能。
・RNAの発現解析（一般的なRNA-seqと同じ役割）
・転写開始点の同定（CAGE最大の強み、RNA-seqでは不十分）
・同定した転写開始点データをもとに転写因子結合モチーフの検索（CAGEならでは、ChIP-seqの逆引き機能）
ライブラリー作製の中心原理は「キャップトラップ法」、RNA 5'末端のキャップ構造を捉える理研開発の独自技術です。

この「NET-CAGE」解析では、今まさに核内で合成中の「NET-RNA」を独自技術で抽出回収し、ライブラリー作製にインプット。
（NET-RNA：Negative Elongating-Transcript：新生RNA）

一般的にtotal RNAの寿命は比較的長め、～数時間～数日のものも。かたやNET-CAGEのeRNA（エンハンサーRNA）やはきわめて短寿命、ものの数分のうちに分解されてしまいます。

いま細胞中にあるtotal RNAを見る「CAGE」、今まさに合成中のNET-RNAを見る「NET-CAGE」。見たいポイントの使い分けが可能になりました。 （詳細を見る）

当社のNGS受託サービス各種は、初めてでも安心のデータ解析付きです。

発現解析の「RNA-seq」や「CAGE」はTotal RNAを送るだけ、
USBやHDDにて解析データをお届けします。
目的に合わせたrRNA除去やde novoアセンブリもございます。

「CAGE」は「RNA-seq」よりも定量性が高い遺伝子発現解析が可能。
「NET-CAGE」ではエンハンサーRNA解析の新技術です。
他にも「ATAC-seq」、「ChIP-seq」、「WES」、「WGS」、など。

MGI DNBSEQシーケンサーも2021年秋から本格始動。
2022年秋に増設、イルミナNextSeq2000を導入しました。

【特長】
■RNA-seqの提出RNAは total RNA 1ug
■RNA-seq、ヒトやマウスのとき10ngスタートも可能
■まさに1細胞を解析、Ultra Low なRNA-seqも人気プラン
■RNA抽出オプション
■目的に合わせた不要RNA除去やde novoアセンブリもご用意

※解析条件のアレンジはお気軽にお問い合わせ下さい。 （詳細を見る）