【次世代シーケンス解析事例】MLST解析　※解析事例集進呈中ファスマック

環境DNAに混在した株を同定することができた解析事例をご紹介します！

MLST(Multi locus sequencing typing)解析とは、複数の遺伝子領域
(通常7領域以上)の変異をパターン化して、菌のタイピングを行う方法です。

当解析事例(自社データ)は、単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した
試料(単離株のゲノムに環境DNAに混合したもの)を用意し、タイピングを実施。

用意した株はグラム陽性菌、グラム陰性菌で、これらのサンプルについて
Miseqでゲノムシークエンス、タイピングを行いました。

その結果、本手法での解析により、環境DNAに混在した株を同定することが
できました。

【事例概要】
■単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した試料を用意し、
　タイピングを行った
■用意した株はBacillus subtilis subsp.subtilis str. 168
　(グラム陽性菌)、Pseudomonas protegens Pf-5(グラム陰性菌)
■これらのサンプルについてMiseqでゲノムシークエンス、
　タイピングを行った

※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

関連リンク - http://fasmac.co.jp/ngs_mlst_analysis_sample

基本情報【次世代シーケンス解析事例】MLST解析　※解析事例集進呈中

【ワークフロー】
■Sample Sequence Reads
■クオリティフィルタリング
■K-mer分布を用いた近縁種の推定
■近縁種へのマッピング
■MLST解析のための遺伝子領域の同定
■MLSTデータベースを用いたMLST解析
■K-mer系統樹の作成　SNP系統樹　※オプション解析

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