株式会社ファスマック 【次世代シーケンス解析事例】微生物ゲノムドラフト解析
- 最終更新日：2021-11-12 14:33:58.0
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取得した生リードをクオリティフィルタリング！ドラフトゲノム配列から遺伝子を予測※解析事例集進呈中
海洋研究開発機構 深海・地殻内生物圏研究分野の先生より、
新規海洋性プロテオバクテリアを提供いただき、解析した結果を
ご紹介します。
次世代シーケンサー(MiSeq)を使用して、シーケンシング解析を行い、
paired-endリードを取得。
取得した生リードをクオリティフィルタリングした後、アセンブルを行い、
さらにドラフトゲノム配列から遺伝子を予測しました。
【事例概要】
■生リード：7.3M paired-endリード(2x300bp)
■アノテーションデータ
・遺伝子数：2,417
・rRNA：6
・tRNA：49
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基本情報【次世代シーケンス解析事例】微生物ゲノムドラフト解析
【その他の事例概要】
■ドラフトゲノム配列
・Contig：70
・Scaffold：70
・N50 [bp]：105,204
・Longest [bp]：249,769
・Total [bp]：2,500,556
・GC％：48.7
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カタログ【次世代シーケンス解析事例】微生物ゲノムドラフト解析
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