PacBioが出力するロングリード配列を利用して、Assembleパイプラインを実行することにより、染色体に近づくような高品質なContig配列が得られます。
さらに、Phasing（アレルごとのContigが分離されて出力される）やScaffoldingも実現できるようになっています。
・最新の技術を使用して、ゲノム配列のassemblyや遺伝子予測、機能注釈を含めたリファレンスデータの作成を行います。
・生物種により、必ずしも同じ手順で、期待通りの結果をなるとは限らず、データ解析の各段階で評価を行いながら手法を検討して進めます。
・出力結果を検索参照できるWebシステムも提供します。
基本情報『リファレンスデータ作成サービス』
・k-mer解析によるゲノムDNAの評価を行います。
・PacBioのHifi readsをベースに、NanoporeのUltra long readやTrioのショートリードを利用してAssembleを行います。
加えて、Phasingの結果やScaffoldingの状況を評価します。
・Phasingがうまくいった場合は、それぞれのアレルごとに遺伝子予測を行います。
遺伝子予測には、RNA-seqのリードを使用します。
・遺伝子予測に使用したRNA-seqのリードから、Assembled-mRNA配列を作成します。さらに、その配列をゲノム配列にmappingしてGFFファイルを作成します。
・予測遺伝子とAssembled-mRAN配列にアノテーションを付与し、その結果をGFFファイルに挿入します。
・これらのデータを検索表示する遺伝子カタログデータベース「Ansrch」（Webシステム）を提供することもできます。
| 価格帯 | お問い合わせください |
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| 用途／実績例 | 実験のためのリファレンス情報として利用されます。 公開用のデータとしても利用されます。 |
カタログ『リファレンスデータ作成サービス』
取扱企業『リファレンスデータ作成サービス』
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〇次世代シーケンサ受託解析 Whole genome sequence ：Assemble,Gene prediction,Annotation) RNA-seq：Assembled-mRNA配列作成、発現解析 ○遺伝子カタログデータベース作成：[Ansech] Webアプリケーション ○遺伝子関連ソフトウエア受託開発 ○遺伝子関連パッケージソフトウエア開発・販売 BLASTworks：Local blast search アプリケーション Subioplatform：オミックス解析アプリケーション Keymol-net：プロテイン間ネットワーク検索アプリケーション ○遺伝子関連受託データ解析 ・近縁株間比較による表現型に関連する遺伝子の探索 ・リファレンスデータ（ゲノム配列、ｍRNA配列等のデータセット作成） ○ゲノム解析用コンピュータの販売 ○研究計画のコンサルテーション
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