(1)NCBI-nrへのBLASTによるアノテーションの付与
(2)OrthologDBであるEggNOGによるアノテーション
(3)Interproによるアノテーション
(5)RNA-seq リード の利用
基本情報アノテーション付与サービス
(1)NCBI-nrへのBLAST(diamond)を実行し、3種類のタブ区切りテキストを提供します。
・Scoreが低い結果も含めた全BLAST結果
・Best hit protein=TOPヒット
・Named best hit protein=definitionに意味がある記述があるTOPヒット
(2)OrthologDBであるEggNOG(http://eggnog5.embl.de/#/app/home)への検索結果をタブ区切りテキストで提供します。
・Preferred name=Gene name
・Description=Gene description
・Gos
・EC
・KEGG
・CAZy
・BiGG_Reaction
・PFAMs
(3)Interproは、複数のdimanデータベースを統合したデータベースです。これに検索を行うことにより、1Queryに対して、複数データベース由来の複数のdomain情報が付与されます。
(4)RNA-seqのリードを利用して、Assembled-mRNA配列、ゲノムへのマッピングデータを提供します。
価格帯 | お問い合わせください |
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納期 | お問い合わせください |
用途/実績例 | ・注目する遺伝子(アミノ酸配列)の機能解釈を支援します。 ・特定の機能を持つと思われる遺伝子(アミノ酸配列)を抽出します。 |
カタログアノテーション付与サービス
取扱企業アノテーション付与サービス
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〇次世代シーケンサ受託解析 Whole genome sequence :Assemble,Gene prediction,Annotation) RNA-seq:Assembled-mRNA配列作成、発現解析 ○遺伝子カタログデータベース作成:[Ansech] Webアプリケーション ○遺伝子関連ソフトウエア受託開発 ○遺伝子関連パッケージソフトウエア開発・販売 BLASTworks:Local blast search アプリケーション Subioplatform:オミックス解析アプリケーション Keymol-net:プロテイン間ネットワーク検索アプリケーション ○遺伝子関連受託データ解析 ・近縁株間比較による表現型に関連する遺伝子の探索 ・リファレンスデータ(ゲノム配列、mRNA配列等のデータセット作成) ○ゲノム解析用コンピュータの販売 ○研究計画のコンサルテーション
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