『MOE』結合部位における溶媒解析

3D-RISM 法に基づいて分子周辺の水分子の役割を高速かつ高精度に解…

【Solvent Analysis による解析】 ■結合部位内の水分子、Na+、Cl-、疎水性原子の存在確率の高い領域を可視化 ■酸素原子、水素原子を独立して評価することで水分子の配向を予測 ■分子系に接している水分子の隣の水分子についても可視化 ■脱水和エネルギーマップによる、水素結合や疎水性相互作用、水分子を 　介した水素結合ブリ...

メーカー・取り扱い企業： 株式会社モルシス

高速ドッキングシミュレーションツール『FlexX』

ポケット中で化合物配座をフラグメント単位で再構築することでリガンドと受…

【その他の特長】 ■受容体が持つ相互作用点を満足するように化合物を配置 ■水素結合、配位結合、疎水相互作用等に対応 ■毎分数分子のドッキングを行うことができる ■複数コアを指定した並列計算に対応 ■ファーマコフォアを用いてドッキングポーズを絞れる ■水素結合ドナー/ア...

メーカー・取り扱い企業： 株式会社モルシス

MOEを用いた受容体構造に基づく分子設計(SBDD)

受容体構造を用いた化合物のドッキングシミュレーション

状態の解析を通して適切な分子設計とバーチャルスクリーニングを行えます。 以下のような解析が可能です。 ■ドッキングシミュレーション ■受容体構造の確認と前処理（原子欠損の確認と修正） ■水素原子付加状態の決定 ■ポケット探索 ■フラグメント結合位置検索 ■結合部位中での分子設計 ■リガンド-受容体との相互作用解析 ■Potein-Ligand Interaction Fing...

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MOEを用いた分子モデリング・分子シミュレーション

孤立系・分子凝集系など目的に応じた柔軟な分子構築が可能

、合成ポリマー、そららの複合体に対して適切なパラメーターを割り当て、従来の分子の種類に応じた力場選択の迷いを排除することができます。 分子構造の前処理として、タンパク質の立体構造の確認と修正、水素原子付加状態の最適化などが可能です。 以下のような分子構築に対応しています。 ■低分子 ■ペプチド・タンパク質 ■アミノ酸配列 ■変異体構築 ■DNA ■糖鎖 ■合成ポリマー ...

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『MOE-AutoGPA』による3D-QSAR解析

MOEにCoMFA法/CoMSIA法による3D-QSAR解析を追加。化…

野の研究者のニーズに答えることのできるソフトウェアです。 CoMFAに基づき自動的に3D-QSARモデルの構築を行うMOEのアドオンプログラム「AutoGPA」では、三次元記述子として、新たに水素結合のドナー／アクセプターや芳香環のファーマコフォア、部分電荷、LogP、モル屈折などの幅広い特性を用いたCoMSIA法をサポートします。 【特長（AutoGPAのCoMSIA法）】 ■多様...

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分子高速アラインメントツール『FlexS』

リガンドの結合様式の解析やバーチャルスクリーニングを行うBioSolv…

。 また、高速なスクリーンモードを利用することで受容体構造を用いずに 化合物の3次元構造のみを使用したバーチャルスクリーニングに適用できます。 配置は、ファーマコフォアの投影点の一致（水素結合、イオン結合、疎水性相互作用）と vdW体積のオーバーラップに基づいてスコア化して評価します。 【特長】 ■リガンド分子対重ね合わせを平均2分/1アラインメント、早いものは数秒で行う ...

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リガンド-受容体相互作用2次元図『PoseView』

操作はタンパク質構造とリガンド構造を入力するだけ！

『PoseView』は、リガンド-タンパク質間の相互作用の2次元図を 作成するためのツールです。 相互作用しているアミノ酸の種類や原子、相互作用の種類 （水素結合、疎水性相互作用、π-π相互作用）を分かりやすく 2次元で表示することができます。 得られた図は各種画像フォーマットで出力することが可能です。 【特長】 ■リガンド-タンパク質...

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【技術情報】CORINAClassic/Symphony製品紹介

配座発生/分子データセット管理とプロファイリング！製品の概要などを掲載…

分子構造標準化などの機能をご紹介しております。 【掲載内容】 ■CORINA Classic 概要 ■CORINA Symphony 概要 ■分子構造標準化 ・フラグメントの除去 ・水素原子の付加 ・分子構造の中性化 ・重複分子の削除　他 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。...

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リガンド-受容体相互作用 2 次元図『PoseView』

自動的にクオリティの高い図を作成！さまざまな画像フォーマットに対応しま…

『PoseView』は、リガンド-タンパク質間の相互作用の 2 次元図を作成するためのツールです。 相互作用しているアミノ酸の種類や原子、相互作用の種類（水素結合、 疎水性相互作用、π-π相互作用）を分かりやすく 2 次元で表示することができます。 操作はタンパク質構造とリガンド構造を入力するだけで、得られた図は 各種画像フォーマットで出力する...

メーカー・取り扱い企業： 株式会社モルシス