解析 | イプロス医薬食品技術

PR研究の初期段階を加速！NGSで化合物スクリーニングができるDNAコード…

効率的な化合物スクリーニング手法として、創薬の現場などで一般的な手法として確立されてきているDNAコード化ライブラリー（DEL）。 Sigma-Aldrichでは多くの研究者がDELの技術を広く利用できるようするために、独自のダイナミックライブラリー技術を持つDyNAbind社の協力を得てDELを簡易キット化しました。準備された実験プロトコルに従いスクリーニングを進めた後は、...

メーカー・取り扱い企業：メルク株式会社ライフサイエンス（シグマアルドリッチジャパン合同会社）

【資料】超高速フローサイトメーターを最大限に活用するヒントとコツ

PRハイスループット処理とマルチプレックス解析を実現！超高速フローサイトメ…

当資料では、超高速のフローサイトメトリープラットフォームを最大限に活用するヒントとコツについて解説しております。細胞ベースの分析では、細胞単位ベースでの情報を提供する機器としてフローサイトメーターが依然として有力なツールです。しかし従来のフローサイトメーターは、ハイスループットなデータ獲得が要求される最新の創薬研究に適した設計ではなく、そのまま研究ワークフローに当てはめようとすると、ワーク...

メーカー・取り扱い企業：ザルトリウス・ジャパン株式会社

Partek社のNGS／マイクロアレイデータ解析ソフトウェア

次世代シーケンサーとマイクロアレイの様々なデータ解析に対応！イルミナ／…

『Partek Genomics Suite』は、次世代シーケンサーやマイクロアレイのデータを統合して解析できるソフトウェアです。数多くのアプリケーションに最適な解析アルゴリズムを搭載しており、幅広い研究目的にご利用いただけます。【次世代シーケンサーの対応アプリケーション】 ■遺伝子発現解析（...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

NGSデータ解析ソフトウェア『Partek Flow』

次世代シーケンサーのデータ解析をコマンド入力なしで実行！RNA-seq…

『Partek Flow』は、様々なアプリケーションに対応した次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。【対応アプリケーション】 ■遺伝子発現解析（RNA-seq, Single Cell RNA-seq） ■miRNA発現解析（miRNA-seq） ■ゲノムリシーケン...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

RNA-seqデータ解析　ユーイング肉腫の解析事例

Partek社製ソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析を…

　Partek社はNGSデータ解析ソフトウェアPartek Flow、NGS／マイクロアレイデータ解析ソフトウェアPartek Genomics Suite、パスウェイ解析ソフトウェアPartek Pathwayをリリースしています...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

パスウェイ解析ソフトウェア『Partek Pathway』

次世代シーケンサーやマイクロアレイのデータ解析で得られた遺伝子リストに…

『Partek Pathway』は、Partek Genomics Suiteで次世代シーケンサーやマイクロアレイのデータを解析して得られた遺伝子リストにおいて有意に濃縮されているパスウェイを抽出できます。どのようなパスウェイが遺伝子リストにおいて有意に濃縮されているかを知ることで実験結果に生物学的解釈を得ることができます。...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

GENEVESTIGATORを使ったPCSK9遺伝子の解析

GENEVESTIGATORを使って様々な研究室から登録された数多くの…

Nebion社の遺伝子発現データベースオンライン解析ツールである『GENEVESTIGATOR』を用いて、血中のLLDコレステロール量の調節にとって重要な酵素であるPCSK9遺伝子の様々な組織、細胞株、ガンでの発現調節やいくつかの生物種での発現変動の...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

『MOE』ペプチド解析

ペプチドの解析、改変、構築を支援する多彩な機能で研究をサポートします

「MOE」はペプチド解析のための機能を多数搭載しております。変異体解析として自動的な変異体モデルの構築と、各種物性値の推算などが可能です。相互作用解析では、ドッキング計算によるペプチド-受容体複合体の構造予...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

『MOE』タンパク質変異体解析

バイオロジクス研究のためのタンパク質デザイン機能やタンパク質解析機能を…

「MOE」のタンパク質デザイン機能は、タンパク質立体構造データをもとに網羅的に変異体モデルを構築し、さらに変異による物性値への影響を予測します。その他に、タンパク質解析の為の様々な機能が搭載されており、簡単にタンパク質の特性解析が行えます。バーチャルファージディスプレイによりある物性にフォーカスしたタンパク質/ペプチドライブラリーの構築が可能です。 ...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

『MOE』結合部位における溶媒解析

3D-RISM 法に基づいて分子周辺の水分子の役割を高速かつ高精度に解…

MOE に搭載されているSolvent Analysis は、3D-RISM 法に基づいて、分子周辺の水分子の役割を高速かつ高精度に解析することができます。分子系における水分子の確率密度分布を計算し、さらに結合自由エネルギーにおける水分子の寄与を計算します。 Solvent Analysis は溶媒効果を可視化すること...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

卓越した分子モデリング・シミュレーションソフトウェア『MOE』

創薬・ライフサイエンス研究のための統合計算化学プラットフォーム

■Windows/Mac/Linuxに対応 ■計算化学者、実験研究者が広く利用 ■医薬、農薬、食品、材料設計などの様々な分野に対応【搭載アプリケーション】 ■分子モデリング ■配座解析・分子動力学計算・量子化学計算 ■ドッキングシミュレーション ■構造活性相関・ケモインフォマティクス ■タンパク質・抗体モデリング ■変異体構築・タンパク質/ペプチドデザイン ■核酸モデリ...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

遺伝子発現データベース『GENEVESTIGATOR』

GEOなどに登録されたマイクロアレイやRNA-seqのデータをキュレー…

GEOやArrayExpressなどの公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な遺伝子発現データをキュレーションすることで、様々な研究者が登録した大量の実験結果を統合して解析可能にする遺伝子発現データベースです。【対応生物種：biomedical】ヒト、マウス、ラット、サル、イヌ、ブタ、ショウジョウバエ、（酵母、大腸菌）【対応生物種：plant】 ...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

MOEを用いた分子モデリング・分子シミュレーション

孤立系・分子凝集系など目的に応じた柔軟な分子構築が可能

ンターイオンの配置 ■バルクモデル（液滴、周期境界条件） ■スケッチャーツールからの分子のコピー＆ペーストに対応以下のような分子シミュレーションが可能です。 ■構造最適化計算 ■配座解析 ■分子動力学計算 ■量子化学計算 ■スペクトル予測(NMR, VCD) ■分子アラインメント ■3D-RISM法による溶媒解析 ■ドッキングシミュレーション...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

デュピルマブの潜在的な新規適応症の同定

GENEVESTIGATORを使ったプラットフォーム横断的な遺伝子発現…

Nebion社のPhilip Zimmermann、Jana Sponarova、Frank Staubliは、同社の遺伝子発現データベースオンライン解析ツールである『GENEVESTIGATOR』を用いて、IL-4Rαに対するモノクローナル抗体で阻害剤として働くデュピルマブの発現パターンを解析しました。『GENEVESTIGATOR』は公共...

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バイオ医薬品開発用カスタムアプリケーション『Bio-MOE』

抗体やペプチドに対して、より高度なモデリングと物性評価が可能！

リケーションです。抗体の自動モデリング、バイスペシフィック抗体の構築、タンパク質表面特性の pH 依存性、タンパク質のDevelopabilityの評価、ヒト化モデリング、バックミューテーション解析、配列と構造に基づいたLiabilityの検出など、より高度なモデリングと物性評価を簡単な操作で行えます。 MOEの標準アプリケーションと組み合わせて、生物学的製剤の開発における問題や課題をク...

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『MOE』抗体モデリング

アミノ酸配列からの抗体の自動モデリング。Ig、Fv、Fab、scFv、…

とができます。相補性決定領域（CDR）を自動認識して配列アラインメントを行い、それぞれの CDR について適切なテンプレートを自動的に選択します。予測した抗体構造は、抗原との親和性、PPI解析、物性評価、エピトープマッピングなど様々な解析に利用できます。【機能】 ■抗体データベース ■領域別のアノテーション ■抗体のための相同配列検索 ■抗体モデリング ■Ig 全長、fab、 Fv、...

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『MOE-ASEDock』高精度ドッキングプログラム

リガンドの結合様式を予測！より精度の高いモデル化と計算の高速化を実現！

ングに対応し、リガンドの部分構造重ね合わせや、タンパク質構造の誘導適合など数多くのオプション機能が搭載されています。【特長】 ■化合物の配座を出力 ■様々な環状化合物に対しても適切な配座解析を行う ■配座の重複を除くことで計算の効率を上げる ■妥当な化合物の配置を効率的に発見 ■受容体ポケット内で化合物を構造最適化 ■Induced-Fit（誘導適合）にも対応 ※詳しくは...

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分子高速アラインメントツール『FlexS』

リガンドの結合様式の解析やバーチャルスクリーニングを行うBioSolv…

『FlexS』は、リガンド構造から予測されるファーマコフォアフィーチャーの投影点をベースとして構造アラインメントを行い、妥当な重ね合わせ構造を高速に求めるツールです。また、高速なスクリーンモードを利用することで受容体構造を用いずに化合物の3次元構造のみを使用したバーチャルスクリーニングに適用できます。配置は、ファーマコフォアの投影点の一致（水素結合、イオン結合、疎水性相...

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FBLDツール『ReCore』

置換可能な母核や置換基を高速に検索するBioSolveIT社製、創薬支…

ています。【特長】 ■マウスを用いて結合またはファーマコフォアを指定するだけでFBDDが可能 ■圧倒的な計算速度 ■20 万件のフラグメントデータベースが付属 ■受容体との相互作用を解析 ■受容体ポケットやリガンドの形状、ファーマコフォアを利用した検索が可能 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。 ...

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【新製品情報】MOE 2017.11 新機能紹介

分子系のより直感的な操作が可能に！主な新機能や機能強化をご紹介！

【その他の掲載内容】 ■VCDスペクトル解析機能の強化 ■AMBERインターフェース ■グラフィックス関連機能の追加 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。...

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【新製品情報】Partek Genomics Suite 7.0

新バージョンPartek Genomics Suite7.0の概要など…

ーキテクチャーが更新されマルチスレッドに対応しました。また、ユーザーインターフェースも改良されています。ゲノム／トランスクリプトーム／エピゲノムのさまざまなアプリケーションに対応した解析ができます。【掲載内容】 ■Partek Genomics Suite 7.0の概要 ■マルチスレッド対応 ■インターフェースの改良 ■イルミナメチル化アレイ ■ご評価 ※詳...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

【技術情報】Flow：DNA-seqデータ解析

DNA-seqやSNVおよびIndelの検出など！Flowを用いたデー…

当資料では、次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェア「Flow」を用いた DNA-seqデータ解析について紹介します。「Partek Flow(Flow)」は、次世代シーケンサー（NGS）から出力されたリード配列を読み込んで...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

『MOE 2016.08』新機能のご案内

タンパク質デザイン機能やタンパク質解析の為の様々な機能が搭載

「MOE 2016.08」には新規アプリケーションとして「MOEsaic」が追加されました。Matched MolecularPair（MMP）解析やR-group 解析などの SAR 解析、分子設計、文書作成が行えるウェブアプリケーションです。「MOEsaic」を用いることで、重要な置換基の検出、キー化合物の発見、新規化合物の設...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス

【製品紹介】遺伝子発現データベース　GENEVESTIGATOR

データのキュレーションや製品概要、「Dimension Reducti…

『GENEVESTIGATOR』は、遺伝子発現データベースのオンライン解析ツールです。公共データベースに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な遺伝子発現データをキュレートすることで、様々な研究者により登録された大量の実験結果を統合して解析が可...

メーカー・取り扱い企業：株式会社モルシス