GEOなどに登録されたマイクロアレイやRNA-seqのデータをキュレーション！同じプラットフォームのデータを横断的に発現解析 『GENEVESTIGATOR』は、GEOやArrayExpressなどの公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な遺伝子発現データをキュレーションすることで、様々な研究者が登録した大量の実験結果を統合して解析可能にする遺伝子発現データベースです。 【対応生物種：biomedical】 ヒト、マウス、ラット、サル、イヌ、ブタ、ショウジョウバエ、（酵母、大腸菌） 【対応生物種：plant】 シロイヌナズナ、オオムギ、イネ、コムギ、トウモロコシ、ソルガム、ヒメツリガネゴケ、ダイズ、ウマゴヤシ、トマト、タバコ、（酵母、大腸菌） 研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 【主な活用分野】 ■機能ゲノム科学 ■標的遺伝子の優先順位付け ■バイオマーカーの同定 ■発現変動遺伝子リストの解釈 ■遺伝子調節ネットワークの解析 ■実験計画の改善 ■ドラッグ・リポジショニング ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

次世代シーケンサーやマイクロアレイのデータ解析で得られた遺伝子リストにKEGGパスウェイ情報を使って生物学的解釈を追加 『Partek Pathway』は、Partek Genomics Suiteで次世代シーケンサーやマイクロアレイのデータを解析して得られた遺伝子リストにおいて有意に濃縮されているパスウェイを抽出できます。どのようなパスウェイが遺伝子リストにおいて有意に濃縮されているかを知ることで実験結果に生物学的解釈を得ることができます。 また、『Partek Pathway』は遺伝子の発現情報から全体が協調して発現変動しているパスウェイや一部の遺伝子だけが発現変動していて全体では有意差が得られないパスウェイを抽出できます。 【対応する解析メニュー】 ■パスウェイエンリッチメント解析 ■パスウェイANOVA パスウェイコンテンツとしてKEGGデータベース(KEGG Pathway)を採用。（注）パスウェイをマップ表示する際に解析結果に基づいてp値やFold Changeの値で遺伝子を色分け表示します。 （注）Partek Inc.はKEGG Authorized Service Providerです。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

GENEVESTIGATORを使って様々な研究室から登録された数多くの遺伝子発現解析の結果を統合してPCSK9遺伝子の機能を解析 Nebion社の遺伝子発現データベースオンライン解析ツールである『GENEVESTIGATOR』を用いて、血中のLLDコレステロール量の調節にとって重要な酵素であるPCSK9遺伝子の様々な組織、細胞株、ガンでの発現調節やいくつかの生物種での発現変動の特性を明らかにしました。また、PCSK9遺伝子と共発現する遺伝子を同定しています。 『GENEVESTIGATOR』は公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイやRNA-seqの遺伝子発現データをキュレーションしてアノテーションごとに解析できるようにした遺伝子発現データベースの検索エンジンです。非常に特異的なプロファイル(例えば、標的遺伝子やバイオマーカー)を持つ遺伝子を特定したり、選択した遺伝子の転写活性に関連した条件を見つけたりするために数千の実験を同時に解析できます。 このケーススタディの概要は以下の通りです。 ■遺伝子の機能解析と適応症の研究 ■モデル生物の選択 ■遺伝子のネットワーク解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。