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16件 - メーカー・取り扱い企業
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次世代シーケンスを利用することで、より高い解像度でジェノタイピングを行…
ゲノム編集技術は自由な遺伝子改変を可能にするパワフルなツールですが、 改変個体を選抜する上で、遺伝型解析(ジェノタイピング)は重要な工程です。 次世代シーケンスにより、F0世代でのアリル頻度を評価することで、 交配に用いるべき個体選抜を行うことが可能。 また、培養細胞のゲノム編集実験では1度の実験で多様な変異を持つ 細胞集団が得られ、実験条...
メーカー・取り扱い企業： 株式会社ファスマック
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【次世代シーケンス解析事例】細菌叢の解析 ※解析事例集進呈中
通常10,000程度のデータと、マイナーなグループのデータが得られる事…
当社が承っている『次世代シーケンス』では、お客様の目的に沿った 各種プランを設けており、ご要望に応じたご提案を心がけております。 “細菌叢の解析”の例では、PCR産物を解析対象として直接塩基配列を 決定し、通常10,...
メーカー・取り扱い企業： 株式会社ファスマック
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オプションサービスを多数ご用意！「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」と…
『ターゲットアンプリコン解析』は、パッケージ化することによって リーズナブルにご利用できるサービスです。 解析対象領域は、16S V4／18S V9／ITS（gITS7-ITS4）／COI （mlCOIintF-HCO2198）／MiFish（12S V5）など。 解析対象領域を増幅ターゲットとしたサンプル調製用プライマーを 無償提供し、サンプルをお送りいただきます。 その...
メーカー・取り扱い企業： 株式会社ファスマック
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サンプルは、バクテリア（Bacteria）およびアーキア（Archae…
『微生物ゲノムドラフト解析パッケージ』は、パッケージ化することによって リーズナブルにご利用できるサービスです。 受け入れサンプルは、バクテリア（Bacteria）およびアーキア（Archaea）が可能。 オプションサービスとして、Prokkaを用いたオートアノテーション、 コンティグのBLAST解析、Sequence Typeのタイピングをご用意しております。 ご用命の際は...
メーカー・取り扱い企業： 株式会社ファスマック
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検出される魚種数を増やすために、PCR反復が有効であることが示唆された…
魚類のDNAメタバーコーディングに使用されるMiFishを用いて 解析した例をご紹介いたします。 相模川水系の複数地点にて採水を行い、ポリタンクにプールし、 DNAの劣化を防ぐため、採水直後にオスバン消毒液を1ml/L添加。 常温で持ち帰り、ラボにてフィルトレーション、DNA抽出などを行い、 得られたデータをMitoFishに供与してホモロジー検索を行いました。 その結果、...
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取得した生リードをクオリティフィルタリング！ドラフトゲノム配列から遺伝…
海洋研究開発機構 深海・地殻内生物圏研究分野の先生より、 新規海洋性プロテオバクテリアを提供いただき、解析した結果を ご紹介します。 次世代シーケンサー(MiSeq)を使用して、シーケンシング解析を行い、 paired-endリードを取得。 取得した生リードをクオリティフィルタリングした後、アセンブルを行い、 さらにドラフトゲノム配列から遺伝子を予測しました。 【事例概要...
メーカー・取り扱い企業： 株式会社ファスマック
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RAISING法によるランダムインテグレーション解析を行った事例を追加…
テリウム法により挿入したシロイヌナズナのT-DNA タグライン、およびレトロウイルスベクターを挿入したマウス培養細胞に対してRAISING法を行い、サンガー法による挿入部位配列の確認、ならびに次世代シーケンス解析から得られた解読配列を元にゲノム配列へマッピングを行いました。 結果として、動物培養細胞、ならびに植物細胞への挿入位置決定として本手法が有効である事が確認出来ました。 【RAI...
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『RAISING法によるランダムインテグレーション解析サービス』
国立感染症研究所との共同研究により開発。 外来DNAの挿入位置の決定…
ンをご用意 ▼サンガーシーケンスプラン ・利用例：ウイルスゲノム、融合遺伝子のクロナリティ解析 など… ・納品物：波形データ（ab1ファイル）、配列データ（txtファイル） ▼次世代シーケンス（NGS）プラン ・利用例：ゲノム編集やウイルスベクターによる ノックインのオフターゲット検出、など… ・納品物：品質値付きのMiseq出力配列（fastqファイル） 【...
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【次世代シーケンス解析事例】MLST解析 ※解析事例集進呈中
環境DNAに混在した株を同定することができた解析事例をご紹介します！
MLST(Multi locus sequencing typing)解析とは、複数の遺伝子領域 (通常7領域以上)の変異をパターン化して、菌のタイピングを行う方法です。 当解析事例(自社データ)は、単離株のゲノムと環境中の菌同定を想定した 試料(単離株のゲノムに環境DNAに混合したもの)を用意し、タイピングを実施。 用意した株はグラム陽性菌、グラム陰性菌で、これらのサンプルについ...
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EMAを用いた手法は生菌群集を解析することが可能であることを示した事例…
選択的膜透過性色素EMAを用いた群集構造解析(自社データ)をご紹介します。 大腸菌が優占した環境サンプルについて、熱処理して殺菌したサンプルと 処理しないサンプルを調整し、EMA処理を行いました。その後、各サンプルに 対してDNA抽出を行い、16Sr RNA遺伝子アンプリコン解析を実施。 その結果、群集構造解析では優占化した大腸菌が死滅したことによって 熱処理したサンプルでは大腸...
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高感度かつ非常に再現性が高いデータが得られる！HTLV-1クロナリティ…
クロナリティ解析に おいては高感度かつ非常に再現性が高いデータが得られております。 【RAIS法によるランダムインテグレーション解析サービス 内容】 ■サンガーシーケンスプラン ■次世代シーケンス(NGS)プラン ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。...
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【解析事例】ゲノム編集におけるノックインのオフターゲット検出
ゲノム編集におけるノックインのオフターゲット検出事例をご紹介します！
番染色体(chr9)に加えて、 別の染色体へも挿入されていることが示唆されました。 【RAIS法によるランダムインテグレーション解析サービス 内容】 ■サンガーシーケンスプラン ■次世代シーケンス(NGS)プラン ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。...
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【事例】アンプリコンサンプル調製時におけるPNAの利用について
より解像度の高い餌生物の推定を行うことが可能！次世代シーケンス解析事例…
当社では、植物の葉に存在する微生物の群集構造解析を目的とした アンプリコンサンプルを調製する際に、植物のミトコンドリアおよび 葉緑体由来の増幅を抑制させる目的にPNAの添加を行い、良好な結果を 得ております。 PNAの添加を行わないと取得データの90％程度がホスト由来の増幅産物の データとなってしまいます。 PNA添加を行うことによって最大で10％程度に抑えることができ、 よ...
メーカー・取り扱い企業： 株式会社ファスマック
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COI遺伝子の解析を行い、餌生物の推定を実施した事例をご紹介します！※…
当社が承っている『次世代シーケンス』では、お客様の目的に沿った 各種プランを設けており、ご要望に応じたご提案を心がけております。 “野生生物の食性解析”の例では、MiSeqを用いた解析で腸内細菌叢の 解析と同様にPC...
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外見から検出が困難なホストと寄生者の関係を解明する上で、有効な手段であ…
京都大学生態学研究センターでは、カエデ属を利用するハマキホソガの 多様化や種同士での共存に関わるプロセスを研究されております。 当社が一部解析を受注いたしましたのでご紹介します。 本解析ではハマキホソガ特異的なブロッキングプライマーを使うことで ホスト由来の遺伝子の増幅を抑えることを可能とし、ホストである ハマキホソガの同定及び体内の寄生者の網羅的な探索を効率的に実施。 ブ...
メーカー・取り扱い企業： 株式会社ファスマック
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微生物群集構造解析の結果や、主座標分析、レアファクションカーブなどをご…
土壌サンプルの自社データをご紹介します。 当データは、4地点について各4サンプル解析した結果です。 MiSeqでの取得データについては各サンプルおよそ10万リード程度 得られています。 納品データはhtml形式のファイルが含まれており、グラフ等は webブラウザでの閲覧が可能なので、ぜひ関連リンクよりご覧ください。 【概要】 ■16SrRNAのV4領域のデータを用いた...
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