タンパク質 | イプロス医薬食品技術

PRNMRとMD計算で低分子化合物とタンパク質の相互作用を評価できます。

生理活性化合物の中には、タンパク質を標的として作用する化合物が数多く存在します。そのため、低分子化合物とタンパク質間の相互作用について構造的な知見を得ることは薬剤の開発にとって非常に重要です。本資料では、NMRと分子動力学計算を用いて溶液中におけるL-トリプトファンとウシ血清アルブミン（BSA）の相互作用を解析した事例を紹介します。...詳しくは資料をダウンロード、またはお問い合わせくださ...

メーカー・取り扱い企業：一般財団法人材料科学技術振興財団　MST

【書籍発刊】ELNによる研究データの統合的管理　※抜刷進呈中

PRクラウド型電子実験ノートによる研究データ管理のメリットや活用例として、…

株式会社技術情報協会から2023年12月27日に『実験の自動化・自律化によるR&Dの効率化と運用方法－AI、ロボット技術、ChatGPT、MI、ベイズ最適化、秘密計算など－』が発刊されました。本書では、ラボラトリーオートメーションに関する技術や環境・体制構築のポイント、応用事例などが多数紹介されています。詳細な執筆者や目次については出版社のウェブサイトをご参照下さい。第3章「自動・自律実...

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タンパク質立体構造データベースシステム『PSILO2016.1』

タンパク質立体構造データ共有を支援！クオリティーサマリー表示なども可能…

「PSILO」は、生体高分子やタンパク質-リガンド複合体構造情報のデータベースシステムです。 タンパク質立体構造データを整理して、多様な条件で検索可能にし、データの共有を支援します。公共データやインハウスデータなどの分散...

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タンパク質立体構造情報データベースシステム『PSILO』

多様な条件で検索可能！生体高分子やリガンド複合体構造情報のデータベース…

『PSILO』は、生体高分子やタンパク質－リガンド複合体構造情報のデータベースシステムです。 タンパク質立体構造データを整理して、多様な条件で検索可能にし、データ共有を支援します。公共データやin-houseデータなどの分散...

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『MOE』タンパク質変異体解析

バイオロジクス研究のためのタンパク質デザイン機能やタンパク質解析機能を…

「MOE」のタンパク質デザイン機能は、タンパク質立体構造データをもとに網羅的に変異体モデルを構築し、さらに変異による物性値への影響を予測します。その他に、タンパク質解析の為の様々な機能が搭載されており、簡単に...

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卓越した分子モデリング・シミュレーションソフトウェア『MOE』

創薬・ライフサイエンス研究のための統合計算化学プラットフォーム

モデリングソフトウェアです。多彩な計算化学アプリケーション、分子構造データベース、開発環境を搭載しており、それらを組み合わせた適切なプローチでの分子設計が可能です。【特長】 ■低分子、タンパク質、抗体、ペプチド、DNA/RNA等の広範な分子スケールに対応 ■LBDD, SBDD, FBDDなど様々な分子設計手法に対応 ■目的に応じて使い分けできる使用モード ■低分子・フラグメント...

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「PROTAC(タンパク質分解誘導薬)の設計支援」の資料進呈

In silico 手法を利用したPROTAC(タンパク質分解誘導薬)…

『PROTAC』は、細胞内のユビキチン-プロテアソーム系を利用して標的タンパク質を分解誘導する有機分子です。細胞内において標的タンパク質およびE3リガーゼと複合体(三元複合体)を形成することで両者を物理的に近接させ、標的タンパク質のユビキチン化を引き起こします。 ...

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MOE抗体設計アプリケーション

コンピューターで抗体モデリング・抗体設計を行うための有用なアプリケーシ…

。統合計算化学システム MOEは、低分子、ペプチド、抗体、核酸などの広範なスケールの分子の設計に活用でき、創薬モダリティー開発に対応した分子モデリングソフトウェアです。ホモロジーモデリング、タンパク質デザイン、バーチャルファージディスプレイ、エピトープマッピング、分子表面解析、物性推算、化学的修飾候補部位の検出など抗体設計に活用できるアプリケーションがMOEには統合されています。 Fv、F...

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『MOE-ASEDock』高精度ドッキングプログラム

リガンドの結合様式を予測！より精度の高いモデル化と計算の高速化を実現！

『ASEDock』は、統合計算化学システム「MOE」で利用可能なドッキングプログラムです。低分子などの様々なリガンド候補化合物とタンパク質とのドッキング構造を高速かつ高精度に予測。受容体ポケットの形状をモデル化した「ASEモデル」と、化合物配座の適合性を評価することで、効率的なドッキングシミュレーションを行います。化合...

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MOEを用いた分子モデリング・分子シミュレーション

孤立系・分子凝集系など目的に応じた柔軟な分子構築が可能

MOEは、創薬・ライフサイエンス研究のための統合計算化学プラットフォームです。様々な分子モデルを簡単な操作で構築できます。拡張ヒュッケル法を用いた力場パラメーターの自動作成により、低分子、タンパク質、核酸、合成ポリマー、そららの複合体に対して適切なパラメーターを割り当て、従来の分子の種類に応じた力場選択の迷いを排除することができます。分子構造の前処理として、タンパク質の立体構造の確...

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『MOE』抗体モデリング

アミノ酸配列からの抗体の自動モデリング。Ig、Fv、Fab、scFv、…

に利用できます。【機能】 ■抗体データベース ■領域別のアノテーション ■抗体のための相同配列検索 ■抗体モデリング ■Ig 全長、fab、 Fv、sdAb、ヒト化抗体 ■表面パッチ解析 ■タンパク質ータンパク質ドッキング ■エピトープ・マッピング ■タンパク質の物性推算 ■ループ/リンカーモデリング ■MOE/webアプリケーション ■モデリングの自動化カタログを刷新しました。 ※詳し...

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リガンド-受容体相互作用2次元図『PoseView』

操作はタンパク質構造とリガンド構造を入力するだけ！

『PoseView』は、リガンド-タンパク質間の相互作用の2次元図を作成するためのツールです。相互作用しているアミノ酸の種類や原子、相互作用の種類（水素結合、疎水性相互作用、π-π相互作用）を分かりやすく 2次元で表示す...

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MOEを用いた受容体構造に基づく分子設計(SBDD)

受容体構造を用いた化合物のドッキングシミュレーション

MOEを用いたStructure-Based Drug Design（SBDD）が可能です。標的タンパク質の適切な前処理、ポケット探索、ドッキングシミュレーション、ドッキングスコアによる評価、リガンド結合状態の解析を通して適切な分子設計とバーチャルスクリーニングを行えます。以下のような解析が...

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バイオ医薬品開発用カスタムアプリケーション『Bio-MOE』

抗体やペプチドに対して、より高度なモデリングと物性評価が可能！

『Bio-MOE』は、バイオ医薬品開発のために作成されたMOEのカスタムアプリケーションです。抗体の自動モデリング、バイスペシフィック抗体の構築、タンパク質表面特性の pH 依存性、タンパク質のDevelopabilityの評価、ヒト化モデリング、バックミューテーション解析、配列と構造に基づいたLiabilityの検出など、より高度なモデリングと...

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【セミナー情報】MOEフォーラム2017開催報告

MOEの最新技術の紹介と5名の先生方にMOEを活用した創薬研究に関して…

es and Epitope Mapping ■Optimizing Protein Properties in the Cloud with MOE 【招待講演】 ■「創薬等研究推進に向けたタンパク質の大規模情報解析」 ■「Structure-based drug designの手法を活用した創薬シード創成」 ■「創薬研究におけるSupervised Molecular Dynamicsの有...

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【新製品情報】MOE 2020.09 の新機能

MDシミュレーションのインターフェースが一新！メニューバーもさまざまな…

の主な新機能や機能強化をご紹介しています。日本語をはじめとする多言語がサポートされるようになり、大規模計算のためのフレームワークなどが新機能として追加。また、ドッキング、タンパク質の物性推算、抗体モデリング、MOEsaicの機能も強化され、プロジェクトデータベースも更新されました。【掲載内容】 ■日本語などの多言語のサポート ■ONIOM法によるQM/MM...

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【技術情報】PROTAC Modeling Toolsの追加手法

複数の手法によりPROTACを介した三元複合体構造の予測とモデリングを…

『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬の1つである PROTAC（Proteolysis Targeting Chimera）の開発を支援するためのMOEのカスタムアプリケーションです。複数の手法によりPRO...

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【新製品情報】SBDD統合ツール『SeeSAR 13』リリース

SeeSAR 13にフラグメント創薬のため新機能を追加、計算アルゴリズ…

sed Drug Design (SBDD)統合ツール。新製品の「SeeSAR 13」がリリースされ、新機能としてリガンドの構造展開を支援する「MedChemesis」が追加。そのほか、タンパク質表面描画機能の強化などの情報を多数ご紹介しております。是非、ご一読ください。【掲載内容(一部)】 ■SeeSAR 13の概要 ■新機能：MedChemesis ■タンパク質表面描画機能の強...

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【新製品情報】PSILO 2022.02の新機能

創薬研究を支援！PSILO 2022.02で追加される新機能をご紹介

『PSILO』は、生体高分子やタンパク質-リガンド複合体構造情報のデータベースシステムです。公共データやインハウスデータを統合的に管理し、独自の検索機能や解析機能により創薬研究を支援します。 PSILO 2022...

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「MOEの分子構造データベースと創薬への活用」の資料進呈

『MOEの分子構造データベースと創薬への活用』技術資料を配布中！

能や開発環境も統合されているのが大きな特長です。アプリケーションとして、ドッキングシミュレーション、分子動力学計算、 SAR解析、ライブラリー解析、フラグメント創薬ファーマコフォア解析、 タンパク質モデリング、変異体解析等が搭載。また、分子、文字列、数値を統合して管理できる分子構造データベース機能が搭載。 MOEの分子構造データベースの特長と、アプリケーション事例が紹介された記事「M...

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GENEVESTIGATORを使ったPCSK9遺伝子の解析

GENEVESTIGATORを使って様々な研究室から登録された数多くの…

プロプロテイン変換酵素サブチリジン／ケキシン9型(PCSK9)は血漿中のコレステロールの恒常性の調節に対して極めて重要な酵素です。それは低比重リポタンパク質(LDL)受容体パスウェイおよび肝臓でのLDLの分解の天然阻害剤として働きます。 GENEVESTIGATORを使った詳細な解析によりPCSK9の発現は栄養状態およびスタチン治療により直接...

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高速ドッキングシミュレーションツール『FlexX』

ポケット中で化合物配座をフラグメント単位で再構築することでリガンドと受…

『FlexX』は、タンパク質のリガンド結合部位に、医薬候補化合物をフラグメント単位で配置することで高速に化合物のドッキング構造を予測するプログラムです。結合部位に化合物群を順次配置しリガンド候補を絞り込むバ...

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【技術情報】CDD Vault：ADC、PROTACのデータ管理

ADCやPROTACの研究データも管理可能！導入実績多数のクラウド型研…

ます。当資料では、CDD VaultのADC（antibody-drug conjugate：抗体薬物複合体）やPROTAC（proteolysis targeting chimera：タンパク質分解誘導キメラ分子）の研究データ管理への応用事例を紹介していますので、ぜひご一読ください。【主な掲載内容】 ■ADCの研究データ管理の事例・分子の管理　- 薬物　- リンカ...

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分子情報およびアッセイデータ登録システム『RegMol』

RegMolでは低分子から高分子まで様々な種類の分子の情報を登録可能！

子まで様々な種類の分子の情報を登録できます。例えば、RegMolにペプチドを登録する場合、プロジェクトや構造式、CAS 番号などの外部ID、名前、純度やLogPなどの物性情報、治療領域や標的タンパク質、電子実験ノートのページ番号、( 購入試薬の場合は) メーカー名やカタログ番号および購入日、NMRやHPLCなどのスペクトル、添付ファイルなどを登録します。また、RegMolに既に登録された分子...

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統合計算化学システム『MOE』核酸モデリング

統合計算化学システム『MOE』の核酸モデリング機能

【その他の特長】 ■相互作用解析 ■核酸-タンパク質ドッキング ■物性推算 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。...

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創薬モダリティの多様性に対応したソフトウェア《動画＆資料提供》

創薬モダリティに興味のある方必見！ 3つのライフサイエンスソフトウェア…

「研究情報管理統合プラットフォーム Scilligence」、「医薬品安全性情報ポータル OFF-X」の３製品について創薬モダリティ関連の機能を紹介します。・MOE 低分子、ペプチド、タンパク質、抗体、核酸のデザインとシミュレーションに対応した統合計算化学プラットフォーム・Scilligence 多様な創薬モダリティの研究データに対応した研究情報管理統合プラットフォーム ...

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【技術情報】MOEによる環状ペプチドの配座解析と相互作用解析

環状ペプチドにフォーカスした解析事例を掲載！

「MOE」は、低分子・ペプチド・タンパク質・抗体・核酸等の医薬品のモデリングに対応した統合計算化学プラットフォームです。広範なスケールの分子を同一環境で取り扱うことができ、環状ペプチドの配座解析、物性予測、相互作用解析な...

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【書籍発刊】ELNによる研究データの統合的管理　※抜刷進呈中

クラウド型電子実験ノートによる研究データ管理のメリットや活用例として、…

ついて】前半ではクラウド型電子実験ノート（ELN）の概要と利点の一般的な説明を行います。後半ではクラウド型ELN製品『CDD Vault ELN』の特長を解説するとともに、低分子化合物の研究、タンパク質分解誘導薬の研究、製薬企業とCROとの間の情報共有、国際的な共同研究プロジェクトでの情報共有などの活用事例を紹介します。...

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ターゲット・作用機序予測プラットフォーム『CLARITY』

化合物の有効性と安全性のプロファイルを解明！より包括的な予測が可能に！

作用機序の活性、毒性や安全性およびADMEパラメーター全般、代謝物とその薬理学的影響といった広範なプロファイリングを予測します。化合物ライブラリーのバーチャルスクリーニング、標的タンパク質決定後の解析、ドラッグ・リポジショニング、潜在的な毒性や安全性の問題の予測、オフ・ターゲットの相互作用の判別、代謝物に関連する安全性問題の把握などに活用できます。【特長】 ...

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インシリコ創薬技術の資料進呈

創薬研究書籍の抜刷記事を配布中！

ションと豊富なデータコンテンツで、計算化学者から実験研究者まで、幅広いユーザーの研究をサポートします。国内外で多くの導入実績があり、分子シミュレーション、ケモインフォマティクス、 タンパク質・抗体・ペプチドモデリング、立体構造に基づく分子設計、ファーマコフォア解析など様々な機能を搭載。現在『MOE』の特長・事例が紹介された書籍『in silico創薬におけるスクリー...

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『MOE』結合部位における溶媒解析

3D-RISM 法に基づいて分子周辺の水分子の役割を高速かつ高精度に解…

ができます。分子系における水分子の確率密度分布を計算し、さらに結合自由エネルギーにおける水分子の寄与を計算します。 Solvent Analysis は溶媒効果を可視化することで、タンパク質－リガンド間の相互作用の理解と新規リガンド設計を支援します。【Solvent Analysis の特長】 ■3D-RISM 法に基づいて1 分子系あたり数分で計算 ■複合体、リガンド...

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MOE Extensions for KNIME Ver.2.4

MOEノードまたは既存のノードを組み合わせてワークフローを作ることで解…

MOEノード)が提供されます。ユーザーは、KNIME上で各種MOEノードを組み合わせて、化合物処理、QSAR解析、ファーマコフォア検索、ドッキングシミュレーション、ホモロジーモデリング、タンパク質デザインを行うためのワークフローを作成できます。プログラミングを行わなくても、GUI上でノードアイコンをつなぐだけで、作業の自動化・効率化・標準化が実現します。 MOEノードと、既存のデー...

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【新製品情報】MOE 2022.02の新機能

効率良く計算可能！MOE 2022.02の主な新機能や機能強化をご紹介

MOE 2022.02では、高性能なM1チップ搭載Macがサポートされることに加え、 タンパク質モデリング関連のアプリケーションでGPUを使用した計算ができるようになり、これまで以上に効率良く計算できるようになりました。さらに、Hydrogen Mass Repartition...

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【技術情報】FastGrow機能搭載、ケミカルスペース拡充

各ソフトウェアのアップデートと、Drugathon2022の開催報告を…

iniSeeを提供しています。SeeSAR 12.1では、FastGrow機能が搭載され、フラグメントデータベースの拡充がなされました。また、これらのソフトウェアを活用して特定の標的タンパク質に対する新規リガンド設計を競うBioSolveIT Drugathon 2022がオンライン開催されました。当資料では、各ソフトウェアのアップデートと、Drugathon2022の ...

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MOE-Extensions for KNIME

簡単かつ柔軟なワークフロー作成！KNIMEで動作するMOEインターフェ…

【MOEを用いたワークフロー例】 ■化合物処理 ■AutoQuaSAR ■ドッキングシミュレーション ■ファーマコフォア ■タンパク質デザイン ■抗体モデリング　など ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。...

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【新製品情報】Similarity Scanner機能の追加

構造を高速に重ね合わせ！SeeSAR 12で更新された機能を中心にご紹…

SeeSAR 12では、 Ligand-Based Drug Design機能として、Similarity Scannerが追加されました。 Similarity Scannerは、標的タンパク質情報を必要とせず、化合物の化学的特長と分子形状に基づいて構造を高速に重ね合わせます。当資料では、SeeSAR 12で更新された機能を中心に紹介します。【掲載内容】 ■See...

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【製品紹介】Version 6.5および6.6の新機能

研究開発における知識の共有を促進！より簡単にデータの管理を行えるように…

提供しています。電子実験ノート「ELN」、分子情報・アッセイデータ登録システム「RegMol」、在庫管理システム「Inventory」の各製品では低分子化合物から核酸・ペプチド・タンパク質・抗体などの生体高分子、細胞株や生体組織まで、多様なモダリティのデータを一元的に取り扱えます。当資料では、version 6.5およびversion 6.6で実装された新機能について...

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【技術資料】創薬モダリティの多様性への対応

ELN、RegMol、Inventoryに共通する創薬研究のモダリティ…

トフォームを提供しています。電子実験ノートELN、分子情報・アッセイデータ登録システムRegMol、在庫管理システムInventoryの各製品では低分子化合物から核酸・ペプチド・ タンパク質・抗体などの生体高分子、細胞株や生体組織まで、多様なモダリティのデータを一元的に取り扱えます。当資料では、ELN、RegMol、Inventoryに共通する創薬研究におけるモダリ...

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【技術情報】MOE 分子糊開発用アプリケーション紹介

分子糊の開発を支援！統合計算化学システム MOE 上で分子糊とタンパク…

当資料では、統合計算化学システムMOE上で動作させる「Molecular Glue Modeling Tool」についてご紹介しております。分子糊の開発を支援するMOEのカスタムアプリケーションであり、 2つのアプローチにより分子糊を介した三元複合体構造のモデリングを容易に行うことが可能。検証結果なども掲載しており、導入検討の際に参考にしやすい一冊となっております。ぜひ、ご一読くだ...

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【セミナー情報】MOEフォーラム2020 開催報告

統合計算化学システム！5名の先生方にMOEを活用した研究事例についてご…

名の先生方に MOEを活用した研究事例についてご講演いただきました。また、開発元のCCG社からは、対話的なSAR解析が行える MOEウェブアプリケーションのMOEsaicの機能強化、タンパク質の開発可能性や化学修飾部位予測にかかわる物性推算機能の応用事例、次バージョンのMOEやPSILOの機能について発表しました。ぜひ、ご一読ください。【掲載内容】 ■招待講...

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アプリケーション『PROTAC Modeling Tools』

PROTACを介した三元複合体構造の予測とモデリングを容易に行えます

『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬（PROTAC）の開発を支援するためのMOEのカスタムアプリケーションです。三元複合体（標的タンパク質-PROTAC-E3リガーゼ）の構造の予測とモデリングを容易に行...

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【新製品情報】PSILO 2018新機能紹介

散在するタンパク質立体構造データを統合！PSILO 2018の新機能を…

当資料では、タンパク質立体構造データベースシステム PSILO 2018の新機能について掲載しています。「PSILO」は、生体高分子やタンパク質ーリガンド複合体構造情報のデータベースシステムです。 ...

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リガンド-受容体相互作用 2 次元図『PoseView』

自動的にクオリティの高い図を作成！さまざまな画像フォーマットに対応しま…

『PoseView』は、リガンド-タンパク質間の相互作用の 2 次元図を作成するためのツールです。相互作用しているアミノ酸の種類や原子、相互作用の種類（水素結合、疎水性相互作用、π-π相互作用）を分かりやすく 2 次元で表示す...

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【新製品情報】SeeSAR 8.0リリース

FBLDのためのInspirator機能の強化！配列表示機能を改良した…

性、リガンド物性などを評価できます。今回のリリースでは、バージョンアップによるFragment Based Ligand DesignのためのInspirator機能の強化およびタンパク質の構造アラインメントの機能の強化と、配列表示機能の改良を行いました。【掲載内容】 ■FBLDのためのInspirator機能の強化 ■タンパク質構造のアラインメント機能の強化 ...

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【技術資料】PROTAC Modeling Tools

三元複合体のモデリング手法の概要とその適用事例についてご紹介します

『PROTAC Modeling Tools』は、標的タンパク質分解誘導薬 PROTACの開発を支援するためのMOEのカスタムアプリケーションです。 4通りの手法によりPROTACを介した三元複合体構造の予測とモデリングを容易に行え、タンパク質...

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【新製品情報】PSILO 2020 リリース情報

操作性や使いやすさが以前のバージョンと比較して格段に向上！新機能や機能…

当資料では、タンパク質立体構造データベースシステム『PSILO 2020』の主な新機能や機能強化をご紹介しています。ウェブベースのインターフェースのさまざまな機能がJavaScriptで実装されており...

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『MOE 2016.08』新機能のご案内

タンパク質デザイン機能やタンパク質解析の為の様々な機能が搭載

「MOE 2016.08」には新規アプリケーションとして「MOEsaic」が追加されました。Matched MolecularPair（MMP）解析やR-group 解析などの SAR 解析、分子設計、文書作成が行えるウェブアプリケーションです。「MOEsaic」を用いることで、重要な置換基の検出、キー化合物の発見、新規化合物の設計、解析で得られた知見の記録が効率的かつ直感的に行...

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