国立感染症研究所との共同研究により開発。 外来DNAの挿入位置の決定を、短時間・高感度・低コストで実現。 『RAISING法』は、ゲノム中の外来DNAの挿入位置を検出する方法です。 少ないDNA量で再現性の高い測定結果がスピーディーに得られます。 ウイルスゲノム挿入部位、ウイルスベクター挿入部位、 創薬ターゲットとなりうる融合遺伝子の検索、 ゲノム編集におけるオフターゲットノックインなど、 外来DNAのホストゲノム上の挿入位置の同定ができます。 【特長】 ■目的・ターゲットにあわせて解析のアレンジが可能 ■一度の解析で複数の挿入部位を検出可能 ■独自技術により再現性の高い結果が得られる 【解析事例】 ◎HTLV-1（ヒトT細胞白血病ウイルス）クロナリティ解析 少ないDNA量で素早く検出できるRAISING法の特長を活かし、 プロウイルス量0.032％でも高い検出感度を実現しています。 ◎ゲノム編集におけるノックインのオフターゲット検出 CRISPR/Casで作製したノックインマウスについて、NGSとの組み合わせにより ノックイン効率とオフターゲットサイトの検出を行いました。 ※事例やサービスの詳細は「ダウンロード」から資料をご覧ください。

GENEVESTIGATORを使ったプラットフォーム横断的な遺伝子発現解析によりデュピルマブの新規適応症の可能性を検討 Nebion社のPhilip Zimmermann、Jana Sponarova、Frank Staubliは、同社の遺伝子発現データベースオンライン解析ツールである『GENEVESTIGATOR』を用いて、IL-4Rαに対するモノクローナル抗体で阻害剤として働くデュピルマブの発現パターンを解析しました。 『GENEVESTIGATOR』は公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイやRNA-seqの遺伝子発現データをキュレーションしてアノテーションごとに解析できるようにした遺伝子発現データベースの検索エンジンです。非常に特異的なプロファイル(例えば、標的遺伝子やバイオマーカー)を持つ遺伝子を特定したり、選択した遺伝子の転写活性に関連した条件を見つけたりするために数千の実験を同時に解析できます。 このケーススタディの概要は以下の通りです。 ■類似の発現応答をもたらす実験条件の特定 ■潜在的な新規適応症の特定 ■他の解剖学的部位における発現 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

GEOなどに登録されたマイクロアレイやRNA-seqのデータをキュレーション！同じプラットフォームのデータを横断的に発現解析 『GENEVESTIGATOR』は、GEOやArrayExpressなどの公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイや次世代シーケンサーの膨大な遺伝子発現データをキュレーションすることで、様々な研究者が登録した大量の実験結果を統合して解析可能にする遺伝子発現データベースです。 【対応生物種：biomedical】 ヒト、マウス、ラット、サル、イヌ、ブタ、ショウジョウバエ、（酵母、大腸菌） 【対応生物種：plant】 シロイヌナズナ、オオムギ、イネ、コムギ、トウモロコシ、ソルガム、ヒメツリガネゴケ、ダイズ、ウマゴヤシ、トマト、タバコ、（酵母、大腸菌） 研究者が標的遺伝子の探索などの遺伝子発現解析を行う際に、注目する遺伝子の同定や発現変動遺伝子の優先順位付けなどを簡単かつ正確に行うことができます。 【主な活用分野】 ■機能ゲノム科学 ■標的遺伝子の優先順位付け ■バイオマーカーの同定 ■発現変動遺伝子リストの解釈 ■遺伝子調節ネットワークの解析 ■実験計画の改善 ■ドラッグ・リポジショニング ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

次世代シーケンサーのデータ解析をコマンド入力なしで実行！RNA-seqをはじめ様々なアプリケーションのデータ解析に対応！ 『Partek Flow』は、様々なアプリケーションに対応した次世代シーケンサーデータ解析ソフトウェアです。 【対応アプリケーション】 ■遺伝子発現解析（RNA-seq, Single Cell RNA-seq） ■miRNA発現解析（miRNA-seq） ■ゲノムリシーケンス解析（DNA-seq） ■転写因子結合部位解析（ChIP-seq） ■メチル化部位解析（MeDIP-seq） ■メタゲノム解析 【対応機器】 ■イルミナ（HiSeq, NextSeq, MiSeq, MiniSeq） ■サーモフィッシャー（Ion S5, Ion Proton, Ion PGM） 『Partek Flow』は、ウェブブラウザーから操作するのでコマンド入力したりパラメーターを手入力する必要はありません。インストールしたサーバーに接続可能なネットワーク上のあらゆるマシンから利用できます。読み込んだデータの種類に対応した解析メニューを表示しますので、データ解析に慣れていないウェットの研究者でも簡単に操作できます。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

次世代シーケンサーやマイクロアレイのデータ解析で得られた遺伝子リストにKEGGパスウェイ情報を使って生物学的解釈を追加 『Partek Pathway』は、Partek Genomics Suiteで次世代シーケンサーやマイクロアレイのデータを解析して得られた遺伝子リストにおいて有意に濃縮されているパスウェイを抽出できます。どのようなパスウェイが遺伝子リストにおいて有意に濃縮されているかを知ることで実験結果に生物学的解釈を得ることができます。 また、『Partek Pathway』は遺伝子の発現情報から全体が協調して発現変動しているパスウェイや一部の遺伝子だけが発現変動していて全体では有意差が得られないパスウェイを抽出できます。 【対応する解析メニュー】 ■パスウェイエンリッチメント解析 ■パスウェイANOVA パスウェイコンテンツとしてKEGGデータベース(KEGG Pathway)を採用。（注）パスウェイをマップ表示する際に解析結果に基づいてp値やFold Changeの値で遺伝子を色分け表示します。 （注）Partek Inc.はKEGG Authorized Service Providerです。 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

GENEVESTIGATORを使って様々な研究室から登録された数多くの遺伝子発現解析の結果を統合してPCSK9遺伝子の機能を解析 Nebion社の遺伝子発現データベースオンライン解析ツールである『GENEVESTIGATOR』を用いて、血中のLLDコレステロール量の調節にとって重要な酵素であるPCSK9遺伝子の様々な組織、細胞株、ガンでの発現調節やいくつかの生物種での発現変動の特性を明らかにしました。また、PCSK9遺伝子と共発現する遺伝子を同定しています。 『GENEVESTIGATOR』は公共リポジトリーに登録されたマイクロアレイやRNA-seqの遺伝子発現データをキュレーションしてアノテーションごとに解析できるようにした遺伝子発現データベースの検索エンジンです。非常に特異的なプロファイル(例えば、標的遺伝子やバイオマーカー)を持つ遺伝子を特定したり、選択した遺伝子の転写活性に関連した条件を見つけたりするために数千の実験を同時に解析できます。 このケーススタディの概要は以下の通りです。 ■遺伝子の機能解析と適応症の研究 ■モデル生物の選択 ■遺伝子のネットワーク解析 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

Partek社製ソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアライメントからパスウェイを使った生物学的解釈まで実行 　Partek社はNGSデータ解析ソフトウェアPartek Flow、NGS／マイクロアレイデータ解析ソフトウェアPartek Genomics Suite、パスウェイ解析ソフトウェアPartek Pathwayをリリースしています。これらのソフトウェアを組み合わせてRNA-seqのデータ解析をアラインメントからパスウェイを使った生物学的解釈まですべてサポートします。 　Partek FlowはFASTQファイルを読み込んで、アラインメント前後のQA/QC、参照ゲノム配列へのアラインメント、発現量の定量および正規化、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析、主成分分析や階層型クラスタリング、GOやパスウェイを使った生物学的解釈、ゲノムビューアーによる可視化などRNA-seqのデータ解析全般をサポートします。 　Partek Genomics SuiteはBAMファイルを読み込んで、遺伝子発現解析、選択的スプライシング解析に加えてアリル特異的発現解析、コーディング領域のSNV解析をサポートします。 　Partek PathwayはKEGGパスウェイ情報を使ったパスウェイ解析をサポートします。

qPCRやマイクロアレイを使用した種同定 および分類群識別のための包括的なプライマー／プローブ設計ツール 下記の解析に対応しています。 ・異種/分類群識別 ・種同定 ・選択的スプライシング検出 ・エクソンジャンクションのプライマー設計 ・リアルタイムPCRプライマー設計 ・TaqManプローブ設計 ・SYBR Greenプライマー設計 ・Molecular Beacon設計 ・FRETプローブ設計 ・マイクロアレイプローブ設計 ・NEATアッセイ設計

リアルタイムPCRで効率的かつ特異的なオリゴを設計するための 包括的なプローブ／プライマー設計ツール 下記の解析に対応しています。 ・SYBR Greenプライマー設計 ・TaqManプローブ設計 ・マルチプレックスリアルタイムPCRアッセイ設計 ・HRMAプライマー設計 ・MethyLight TaqMan設計 ・Molecular Beacon設計 ・NASBAアッセイ設計 ・FRETプローブ設計 ・Scorpionsアッセイ設計

ダブルノックアウトや、遺伝子ノックイン(マウス)などの使用事例をご紹介！ ゲノム編集ツール『GenomeCraft』の使用事例をご紹介します。 “ダブルノックアウト(ゼブラフィッシュ)”への使用では、Cas9蛋白質と 2つの遺伝子に対するsgRNA又はGENOME CRAFT Type CTを混合し、 ゼブラフィッシュ胚にインジェクションして、発生の様子を観察。 受精1日後にGFPで染色された心臓の形成異常が、2日後には目の色素 形成異常が観察されました。 この他、 “In vitro digestion assay”や“In vivo Genome Editing” “遺伝子ノックイン(マウス)”での使用事例もございます。 【In vitro digestion assay　使用事例】 ■実験内容 ・Cas9蛋白質とsｇRNA又はcrRNA+tracrRNA、基質DNA断片を混合し、 　DNA切断実験を行った ■結果：バンドのシフトが確認されたことから、sgRNA、 　crRNA+tracrRNAとも良好なDNA切断活性を確認 ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

「In vivo Genome Editing」や「ダブルノックアウト」などの使用例をご紹介 ゲノム編集ツールである『Genome Craft』の使用例をご紹介します。 Cas9蛋白質とsgRNA又はcrRNA+tracrRNA、基質DNA断片を混合し、 DNA切断実験を行いました。37℃にて1時間インキュベート後、 アガロースゲル電気泳動を実施。 バンドのシフトが確認されたことから、sgRNA、crRNA+tracrRNAとも 良好なDNA切断活性が確認されました。 この他に、「In vivo Genome Editing」や「ダブルノックアウト」や 「遺伝子ノックイン(マウス)」などの使用例もあります。 【使用例】 ■In vitro digestion assay ■In vivo Genome Editing ■ダブルノックアウト(ゼブラフィッシュ) ■遺伝子ノックイン(マウス) ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

容量が100μgの「GE-005-S」と、100μg x3の「GE-005-L」をラインアップ！ 『Cas9 タンパク質』は、CRISPR/Casによるゲノム編集で良く使用されている 2本鎖切断型です。 保存温度は-20℃以下。容量が100μgの「GE-005-S」と、100μg x3の 「GE-005-L」をラインアップしています。 当社では、CRISPR/CAS系のゲノム編集技術における高効率なノックイン/ ノックアウトを実現する好適なゲノム編集ツール「Genome Craftシリーズ」を ご提供いたしております。 【特長】 ■CRISPR/Casによるゲノム編集で良く使用されている2本鎖切断型 ■保存温度：-20℃以下(長期保管は-80℃推奨) ■保存バッファー：10mM Tris-HCl(PH7.5), 300mM NaCl, 0.1mM EDTA, 　1mM DTT, 50％Glycerol ■タンパク質由来：Recombinant E. coli ※詳しくはPDF資料をご覧いただくか、お気軽にお問い合わせ下さい。

DNA 配列のアセンブリとアラインメント CodonCode Aligner は、DNA バーコーディング、シーケンスのアセンブリやコンティグの編集、突然変異の検出に役立つプログラムです。Aligner は、親しみやすく、分かり易いユーザーインターフェースを備えていながら、Phred-Phrap と互換性のあるシーケンスのクオリティスコアをフルサポートする能力を備えています。

細菌、真菌、キノコをDNA解析により同定。クレーム品や原材料の表示確認に。 当社では、試料のDNAとデータベースとを照合し、微生物種をご報告する、微生物DNA同定検査を受託しています。 【検査の特徴】 ◆細菌、カビ、酵母に加え、キノコにも対応 細菌や真菌はもちろん、シイタケ、まつたけ、エリンギなどのキノコのDNA解析にも対応しています。 ◆圧倒的な対応種数 使用するデータベースには2,000種以上の細菌、真菌、キノコの登録があります。微生物を原因としたクレーム対応や原材料として使用されているキノコの表示確認など、幅広い用途にご利用いただけます。 ※詳細は、カタログ請求していただくか、ダウンロードからPDFデータをご覧ください。